Версии: Ubuntu 9.04 (Jaunty), Anjuta 2.26.0.0.

Для начала создаём ссылку на /usr/include в каталоге /usr/local/include:

$ sudo /usr/include /usr/local/include/linux_reference

Не рекомендую экспериментировать с созданием ссылки в самом /usr/include, т.к. в этом случае Вы получите зацикливание ctags при просмотре символов.

Далее, создаём файл /usr/lib/pkgconfig/linux-includes.pc следующего содержания:

prefix=/usr/local
includedir=${prefix}/include/linux_reference

Name: Linux Includes
Description: Linux Includes Reference
Version: 1.0
Cflags: -I${includedir}

Всё, в настройках Anjuta можно отмечать галочкой пункт linux-includes и ждать обновления символьной базы данных.