Для этого можно использовать программу lftp:

$ lftp -e 'mirror [-e|-R] <каталог_на_сервере> [<локальный_каталог>]; bye;' [-u <имя_пользователя>[,<пароль]] <имя_удалённого_сервера>

, где:

• ключ -e указывается при зеркалировании с сервера на локальную систему;
• ключ -R указывается при зеркалировании с локальной системы на сервер.

Источник: советы.блогспот.ком :: Синхронизация каталогов по SSH и по FTP